De Vervoerregio heeft vanuit het budget van de Brede Doeluitkeringen (BDU) de mogelijkheid om hiervoor financiering beschikbaar te stellen. Elk jaar krijgt de Vervoerregio Amsterdam dit budget van het Rijk, waarmee lokale en regionale infrastructuurprojecten gesubsidieerd kunnen worden. De Vervoerregio doet hiervoor het programmamanagement, maar voert ook zelf infrastructuurprojecten uit. Dit zijn vaak studies die ertoe moeten leiden dat de voorgenomen projecten ook daadwerkelijk gerealiseerd worden.
Daarnaast neemt de Vervoerregio Amsterdam deel aan infrastructuurprojecten die door anderen worden uitgevoerd. Naast regionale projecten, waarvoor de verantwoordelijkheid ligt bij de gemeenten en de provincie Noord-Holland, gaat het ook om rijksprojecten: rijkswegen, spoor en vaarwegen. De Vervoerregio is betrokken bij deze projecten en is daarvoor een belangrijke gesprekspartner.